РОЗРОБКА СИСТЕМИ ІДЕНТИФІКАЦІЇ ВІРУСУ НЕКРОТИЧНОГО ПОЖОВТІННЯ ЖИЛОК БУРЯКУ ТА ЙОГО МОНІТОРИНГ НА ТЕРИТОРІЇ УКРАЇНИ
Анотація
Здійснено ІФА скринінг вірусу некротичного пожовтіння жилок буряку (ВНПЖБ) в агроценозах України, а саме в Західній та Центральній частині України та показано наявність ВНПЖБ в зразках коренеплодів цукрового буряку, відібраних в Чемеровецькому районі Хмельницької області. Проведено біоінформативний аналіз нуклеотидних послідовностей ізолятів ВНПЖБ, депонованих в генетичний банк даних. Встановлено консервативні послідовності гену, що кодує білок оболонки та розроблено дизайн праймерів специфічних до нуклеотидних послідовностей геному ВНПЖБ. Синтезовано специфічні олігонуклеотидні праймери, проведено лабораторне випробовування та здійснено оптимізацію проведення полімеразної ланцюгової реакції за основними показниками. Оптимальна температура гібридизації праймерів становила 54 °С – 62 °С, а найвищий вихід ампліконів був зареєстрований за концентрації іонів магнію 2,5 мМ.
Ключові слова: діагностика, ПЛР, вірус некротичного пожовтіння жилок буряку.
Посилання
Detection of beet necrotic yellow vein virus using reverse transcription and polymerase chain reaction. C. M.Henry, I. Barker, J. Morris, S. A. Hugo.. Journal of Virological Methods. 1995; 54: 15–18.
Development of a highly sensitive nested RT-PCR method for beet necrotic yellow vein virus detection. [J. Morris, G. G. Clover, V. A. Harju et al.].. Journal of Virological Methods. 2001; 95: 163–169.
Kilic H. C. Nested RT-PCR and immunocapture RT-PCR for detection of beet necrotic yellow vein virus on sugar beet in lake district of Turkey. H. C. Kilic, N. Yardimci. Romanian agricultural research. 2012; 29: 333–337.
Koenig R. Beet necrotic yellow vein virus. CMI. R. Koenig, T. Tamada AAB Descriptions of Plant viruses. 2000; 144.
Nucleotide Sequence of Beet Necrotic Yellow Vein Virus RNA-2. [S. Bouzoubaa, V. Ziegler, D. Beck et al.]. J. gen. Virol. 1986; 67: 1689–1700.
Shahnejat-Bushehri A. Detection of beet necrotic yellow vein virus with reverse transcription-Polymerase chain reaction. A. Shahnejat-Bushehri, J. Adel, M. Dehkordi. Int. J. Agri. Biol.. 2006; 8: 280–285.
Tamada T. Beet necrotic yellow vein virus. CMI/AAB Descriptions of Plant viruses. 1975; 144.
